R Shiny Clinical Trial Dashboard

这是一个基于 results1.csv 的 Shiny 仪表盘项目，包含数据筛选、图表展示、三线表摘要和 LASSO 预测功能。

项目地址

• GitHub 仓库：https://github.com/Zarato2122/Web-Page

快速开始

1. 克隆仓库：

git clone https://github.com/Zarato2122/Web-Page.git
cd Web-Page

2. 安装 R 依赖：

.\tools\install_r_packages.ps1

3. 运行应用：

Rscript .\tools\run_app.R

如果 Rscript 没有加入 PATH，可以先临时指定路径：

$env:R_SCRIPT="<你的R安装目录>\bin\Rscript.exe"
& $env:R_SCRIPT .\tools\run_app.R

项目结构

• data/：存放 results1.csv 和模型文件 rf_model_final_predictable.qs 的位置。
• scripts/：数据准备、绘图函数、界面辅助函数、翻译字典、路径辅助函数和模型训练/预测函数。
• analysis/：历史分析脚本和探索性绘图脚本。
• reports/：R Markdown 报告。
• tools/：启动、依赖安装和仓库辅助脚本。
• archive/：不参与应用运行的重复数据或本地安装包归档。
• shiny_app/app.R：Shiny 应用主入口。
• tools/run_app.R：跨电脑启动入口，会根据自身位置定位项目目录。
• outputs/：应用运行时可保存导出文件。

依赖安装

推荐直接运行项目脚本安装完整依赖：

.\tools\install_r_packages.ps1

如果 Rscript.exe 不在 PATH 中，先设置 R_SCRIPT：

$env:R_SCRIPT="<你的R安装目录>\bin\Rscript.exe"
.\tools\install_r_packages.ps1

如果手动安装，至少需要以下包：

install.packages(c(
  "shiny",
  "shinythemes",
  "readr",
  "dplyr",
  "purrr",
  "stringr",
  "ggplot2",
  "DT",
  "glmnet",
  "pROC",
  "tidyr",
  "qs",
  "scales",
  "tibble",
  "maps"
))

如果你希望加载外部模型文件，请确保已安装：

install.packages("qs")

运行应用

推荐在项目根目录运行：

Rscript .\tools\run_app.R

或者在 R 控制台中运行：

source("tools/run_app.R", encoding = "UTF-8")

Location 地图与 CSV 导出

应用中的 地点地图 标签页会按当前筛选条件动态汇总 Location 字段，并用世界地图上的标注点展示各洲试验数量和占比。

导出当前地图 CSV 会使用当前页面的全部筛选条件重新生成地图汇总数据，因此筛选条件改变后，下载的 CSV 也会同步改变。

模型文件说明

如果你有 rf_model_final_predictable.qs 模型文件，请放在 data/ 目录下。当前应用会尝试加载它；如果没有，则会使用当前筛选数据训练一个 LASSO 逻辑回归模型并输出 ROC/校准曲线。

目录与维护建议

• scripts/data_prep.R：负责数据清洗和筛选逻辑。
• scripts/plot_functions.R：负责生成折线图、柱状图、Location 地图和汇总表。
• scripts/filter_controls.R：负责筛选按钮、All 逻辑和筛选控件样式。
• scripts/translations.R：负责中英文界面文案和分类变量翻译。
• scripts/project_paths.R：负责跨电脑定位项目根目录和数据文件。
• scripts/model_functions.R：负责模型训练、预测、ROC 和校准图生成。
• shiny_app/app.R：负责界面布局和交互逻辑。

1. 将 results1.csv 保持在 data/ 目录。
2. 如果有 rf_model_final_predictable.qs，放到 data/ 并在 scripts/model_functions.R 中确认格式。
3. 在 Shiny 中测试筛选面板、图表和下载功能。